這是一個靠足球決定勝負成敗的世界，人聲鼎沸的澤芽市運動場，一場精彩紛呈的賽事正在進行。葛葉紘汰（佐野嶽飾）所率領的Team.鎧武和驅紋戒鬥（小林豐飾）領銜的Team.巴隆激烈角逐，雙方為了頂尖殊榮“全騎士杯”使出渾身解數，各逞其能。
匪夷所思的是，本應該死去的角居裕也（崎本大海飾）出現在Team.鎧武的陣容中，而Team.Charmant的凰蓮（吉田メタル飾）、城乃內（松田凌飾）、初瀨亮二（白又敦飾）甚至Team.創世紀的貴虎（久保田悠來飾）、SID（波岡一喜飾）、耀子（佃井皆美飾）等人都在臺下注視著這場比賽。這些隊伍共同覬覦著同一個目標，那就是代表著無上榮耀的“黃金果實”。
比賽仍在進行，紘汰卻倍感蹊蹺。一向被海姆植物侵蝕的澤芽市為何突然一片祥和？裕也、初瀨、SID等人為何仍在人世？接二連三出現在紘汰面前的少年拿比素（田中偉登飾）其真正的身份又是誰？隨著全騎士杯進入白熱化，更為可怕的邪惡陰謀昭然若揭，假面騎士們面臨前所未有的滅絕危機！！
