西暦2042年、地球上では突如現れた未知の巨大生物「擬態獣」と、世界各國で開発されていた巨大ロボット達との戦いが繰り広げられていた。
日本のスーパーロボット「ゴーダンナー」のパイロット・猿渡ゴオは後に「巨神戦爭」と呼ばれるボス擬態獣との決戦において、パートナーであり戀人でもあったミラ・アッカーマンを失ってしまう。だが、ゴオはそれと引き換えに、1人の少女の命を救っていた。その少女の名は、葵杏奈。
辛くも人類は戦いに勝利し、5年の歳月が流れた。しかし、世界各地ではまだ擬態獣の亜種が生き殘っており、スーパーロボット達との戦いは続いていた。17歳の高校生となった杏奈はゴオと再會して戀に落ち、いつしか2人は結婚を決意する。だが結婚式當日、日本に擬態獣が出現。ゴオは式を途中で中斷し、ゴーダンナーで出撃する。
しかし、杏奈はただ夫の帰りを待っているだけの女の子ではなかった! 杏奈はゴーダンナーのパートナーロボット「ネオオクサー」に乗り込み、自身も擬態獣との戦いに身を投じる! 果たして、2人は無事結婚することが出來るのか!? そして、世界の平和を守ることが出來るのか!?
